5.2.4设立独立的、具有足够空间的理化检验室和微生物检验室，必要时设立独立的感观检验室和留样室，并配备相应的检验仪器设备。
  5.3 车间隔离
  5.3.1 车间应根据生产工艺流程、生产操作需要和生产操作区域清洁度的要求进行隔离，以防止相互污染。 
  5.3.2制曲室应和其它场所隔离，尽量避免除曲种以外的微生物侵入。
  5.3.3配兑场所、开放式杀菌场所、包装场所应与其他场所隔离。
  5.3.4淋油、压榨场所及半成品酱油贮藏场所应与其它场所隔离。
  5.2.5 凡清洁度区分不同（如清洁、准清洁及一般作业区）的区域，应予以隔离（表1）。（按GB/T 18204.1中的自然沉降法测定，各生产作业区空气中的菌落总数应控制在：每平皿菌落数（cfu/皿）一般作业区≤500， 准清洁作业区 ≤ 75，清洁作业区 ≤ 50。）
表1 酱油生产企业各作业场所的清洁度区分
厂房设施（原则上根据加工顺序排列） 清洁度区分
原材料仓库原料处理场所盐水溶解澄清场所发酵场所内包装容器洗涤场所（注1）空瓶（罐）整理、堆放场所杀菌场所（采密闭设备及管道输送）。 一般作业区
制曲室（注2）淋油、浸出或压榨场所配兑场所内包装材料准备室缓冲室杀菌场所（采开放式设备） 准清洁作业区 管制作业区
内包装室 清洁作业区 
外包装室成品仓库 一般作业区
化验室办公室（注3）更衣及洗手消毒室厕所回收空瓶存放区其它 非食品生产区
注：1. 内包装容器洗涤场所的出口处应设置于管制作业区内。2. 制曲过程中，制曲室有大量有益微生物存在于空气中，空气中的菌落总数暂不作具体要求。3. 办公室不得设置于管制作业区内（但生产管理与现场检验场所除外，但应有适当的管理措施）。
  5.4 厂房结构
  5.4.1厂房应用适合的建筑材料建造，坚固耐用、易于维修和保持清洁，并能防止原料、半成品、食品接触面及内包装材料遭受污染（如害虫的侵入、栖息、繁殖等）。
  5.4.2 制曲室应符合下列要求：
  5.4.2.1室内地面应平坦不滑、有适当斜度，以利排水、清洗，并用无毒、非吸收性、不透水的材料建造。如用混凝土地面应磨平或涂以耐磨树脂。
  5.4.2.2室内墙壁应以不透水，耐腐蚀且表面光滑的材料施工，以利于清洗。
  5.4.2.3曲箱中与物料直接接触的部位应由不锈钢制造，支架应采用不锈钢材料或经防腐处理，以便于清洗及避免杂菌孳生。
  5.4.3为防止交叉污染，应分别设置人员通道及物料运输通道，各通道应装有空气幕（即风幕）或水幕、塑料门帘或双向弹簧门。不同清洁区之间人员通道和物料运输应有缓冲室。