级别不同。有机食品无级别之分，有机食品在生产过程中不允许使用任何人工合成的化学物质，而且需要3年的过渡期，过渡期生产的产品为“转化期”产品。
　　
　　绿色食品A级和AA级两个等次。A级绿色食品产地环境质量要求评价项目的综合污染指数不超过1，在生产加工过程中，允许限量、限品种、限时间的使用安全的人工合成农药、兽药、鱼药、肥料、饲料及食品添加剂。AA级绿色食品产地环境质量要求评介项目的单项污染指数不得超过1，生产过程中不得使用任何人工合成的化学物质，且产品需要3年的过渡期。
　　
　　无公害食品不分级，在生产过程中允许使用限品种、限数量、限时间的安全的人工合成化学物质。


　　认证机构不同。在我国，有机食品的认证机构有两家最具权威性。一是国家环境保护总局有机食品发展中心，它是目前国内有机食品综合认证的权威机构，其次是中国农科院茶叶研究所，该所是目前国内茶叶行业中认证最具权威性。另外亦有一些国外有机食品认证机构在我国发展有机食品的认证工作，如德国的BCS。
　　
　　绿色食品的认证机构在我国惟一的一家是中国绿色食品发展中心，该中心负责全国绿色食品的统一认证和最终审批。
　　
　　无公害食品的认证机构较多，目前有许多省、市地区的农业管理主管部门都进行了无公害食品的认证工作，但只有在国家工商局正式注册标识商标或颁发了省级法规的前提下，其认证才有法律效应。
　　
　　认证方法不同。在我国，有机食品和AA级绿色食品的认证实行检查员制度，在认证方法上是以实地检查认证为主，检测认证为辅，有机食品的认证重点是农事操作的真实记录和生产资料购买及应用记录等。A级绿色食品和无公害食品的认证是以检查认证和检测认证并重的原则，同时强调从土地到餐桌的全程质量控制，在环境技术条件的评价方法上，采用了调查评价与检测认证相结合的方式。