福建检验检疫局高度重视并积极探索第三方认证行政监管有效机制，出台了《福建检验检疫局第三方认证行政监督管理办法（试行）》。该办法通过强化第三方认证行政监管与进出口产品检验检疫监管工作的有机结合，实现了第三方认证行政监管工作常态化，创新了行政监管工作机制，有力地推动了辖区第三方认证有效性建设水平的提升。
一是高度重视，提高对第三方认证行政监管工作重要性的认识。由于认证机构的第三方认证活动和检验检疫部门进出口产品检验监管活动，都是对企业质量管理体系实施有效性评价的手段，二者的有效结合将产生相互增益的效果。因此，将第三方认证行政监管工作与进出口产品检验监管工作有机结合，以进出口产品检验监管工作带动第三方认证行政监管工作，既科学可行，也有利于提升基层单位工作责任感和主动性。
二是积极创新第三方认证行政监管机制，大力推进认证行政监管和检验检疫监管工作有机结合。该局将认证行政监管队伍建设与检验检疫监管队伍建设有机结合，在一线检验监管人员中大力加强认证认可理论、方法、技术的培训和演练。另外，还通过检验检疫日常监管和定期监管，强化对企业质量管理体系的官方验证审核，倒查第三方认证活动的规范性、有效性。同时在检验检疫工作中加大对第三方认证结果的采信，将其有效的认证结果作为进出口企业分类管理、绿色通关、直通放行等检验检疫行政管理的重要依据，促进检验检疫监管模式转变和监管有效性提升。
三是贯彻落实第三方认证行政监管工作新机制，促进认证有效性建设。该局结合一线监管人员相关培训，增设认证行政监管课程，并全面开展辖区第三方认证情况调查摸底，建立健全获证企业档案。借助国家认监委第三方认证信息平台，对辖区2000多家进出口企业第三方认证情况以及涉及的认证机构实施全面调查，对获得质量管理体系、环境管理体系、职业健康安全管理体系等第三方认证的955家次企业逐步建立完善认证档案，明确监管对象。同时，制订落实认证行政监管工作计划和绩效考核指标，并建立省局管理部门和分支机构分级负责、权责明确和责任追究的第三方认证行政监管体系。（
