最后，通过以上几个方面的对比和观察，企业从参选的对象中选择出较为满意的咨询机构作为合作伙伴。
　　选择认证机构的方式和侧重点有所不同。企业在体系运行一段时间后可以向认证机构提出认证申请。我国的认证机构均需要通过国家的批准和认可，并接受有关部门的监督。相对于咨询机构，认证机构要规范和权威。但认证机构之间也存在着差异，这种差异不仅表现在行业特点上，还表现在品牌、信誉、服务水平、市场占有率等方面的竞争也很激烈。截止到2000年年底，经CNACR认可的认证机构（含分支机构）就有60家。那么怎样选择合适的认证机构呢？可以从以下几个方面考虑：
　　1、认证机构经批准或认可的业务范围。企业当前的认证需求认证机构必须有资质满足（可向认证机构索取相关文件证明），这是基本条件。除此之外，企业要考虑将来的需要，比如说企业现在正在贯彻ISO9000标准，那么今后随着企业的发展是否会导入ISO14000环境管理体系、OHS－AS18000职业安全卫生管理体系等其他管理体系呢？如有这种可能，则应该选择具备多项认证资质的认证机构。
　　2、认证机构的服务质量。认证机构是一种中介服务机构，提供的服务水平由于管理水平、历史、经济实力等因素不同而有较大的差异。一般地说，品牌好、知名度大的认证机构比较注重自身形象和服务质量。
　　3、由于各认证机构大多数按国家规定的收费标准收取认证费用。因而除极个别认证机构（其中一部分是未经认可的）会恶性降价竞争外，大多数认证机构的报价相差无几。既然收费相近，企业就应选择信誉好、知名度大、规模业绩最好的认证机构。
　　4、最好不要把选择认证机构的权力交给咨询机构。就象前面所说的，咨询机构一般在企业获证后即撤出，而企业获证只是认证工作的开始。获证后企业每年都要接受认证机构的监督审核或复评。所以说企业最好自主选择适合于自身的认证机构。
　　5、综合地考虑认证费用。除了收费报价外，企业还应考虑审核组的食宿、差旅费（基本上所有的认证机构都规定这些费用由企业承担）以及获证后日常的联络工作的便利情况。
　　总之，如何选择咨询、认证机构是企业自主决策的问题，货比三家，准备充分，总能得到满意的结果。