有认证资格的认证机构提出意向申请。此时可向认证机构索取公开文件和申请表，了解有关申请者必须具备的条件、认证工作程序、收费标准等有关事项。这时认证机构通常要求企业填写企业情况调查表和意向书等。当然，不同的认证机构对此有不同的要求。在正式申请认证时，申请者应按认证机构的要求填写申请表，提交食品安全管理手册、程序文件、SSOP、ISO22000计划书及其他有关证实材料供认证机构文件审核。

认证机构对申请企业提交的申请材料进行审查，决定是否受理申请。如果决定受理申请，则双方签定合同；如果不受理，认证机构以书面形式通知申请者并说明理由。文件审查主要看企业编写的体系文件能否满足相关认证标准的要求，卫生标准控制程序（SSOP）能否满足GMP的要求，ISO22000计划书制定的是否合理，危害分析是否充分等。

当签定了认证合同后，认证机构一般按如下程序进行审核：组成审核组、文件审核、初访或预审核、现场审核前的准备、现场审核并提交报告。对于申请产品ISO22000认证的企业，还要进行产品型式检验，认证机构根据规定要求审查提交的质量体系审核报告和产品形式检验报告后，编写产品质量认证综合报告，提交认证机构的技术管理委员会审批，据此作出是否批准认证的决定。对批准通过认证的企业颁发认证证书并进行注册管理。对不批准认证的企业书面通知，说明原因。

认证证书上注明了获证企业的名称、生产现场地址（如为多现场应注明每一现场的地址）、体系覆盖产品、审核依据的标准及发证日期等。获得认证证书的企业，应按认证证书及标志管理程序的有关规定使用证书，并接受认证机构的监督与管理，认证机构将依据规定的要求作出维持、暂停或撤销的决定。

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